Consigo ver em /var/log/nginx/access.log que o endereço IP está correto, então não acho que o Discourse considere todas as requisições vindas do mesmo IP.
Também consigo ver os endereços IP dos usuários no admin.
Estas são as configurações que modifiquei:
DISCOURSE_MAX_ADMIN_API_REQS_PER_MINUTE: 1200
DISCOURSE_MAX_USER_API_REQS_PER_MINUTE: 60
DISCOURSE_MAX_REQS_PER_IP_MODE: none
DISCOURSE_MAX_REQS_PER_IP_PER_10_SECONDS: 100
DISCOURSE_MAX_REQS_PER_IP_PER_MINUTE: 400
EDIT: Acabei de verificar o conteúdo da resposta de uma das requisições falhadas e notei que mencionava nginx:
<html>\r\n<head><title>429 Too Many Requests</title></head>\r\n<body>\r\n<center><h1>429 Too Many Requests</h1></center>\r\n<hr>\n<center>nginx</center>\r\n</body>\r\n</html>\r\n
Vou investigar mais sobre os tópicos que mencionam nginx.