Sim, eu sei. Você está fazendo a coisa certa e um ótimo trabalho.
Vamos tentar uma estratégia diferente.
Você consegue fazer um backup com sucesso sem incluir os uploads?
Se sim, podemos simplesmente (1) usar esse backup e (2) um tar separado do diretório de uploads e alcançar o que você deseja.
Portanto, por favor, tente fazer apenas um backup sem os uploads (o botão do meio abaixo); selecionando essa opção na janela de backup; e nos responda.
Se isso falhar, tentaremos fazer o backup do banco de dados manualmente a partir da linha de comando 
, o que é bastante simples e funcionará, tenho quase certeza (fazemos isso o tempo todo e raramente restauramos pela interface gráfica).
Referência:
Nota:
O que quer que você decida fazer, @pauln, por favor, não destrua seu VPS existente rodando Debian 7.5 e Discourse até que tenha instalado com sucesso outra instância do Discourse (e restaurado e testado) em seu novo VPS.