インデックスを削除してはいけません！
重複レコードを削除するだけで済みます。
user_id が -4、category_id が 9 の 2 番目のレコードを見つけ、その id を使用して削除してください。
これは危険な操作なので、まず次で確認してください。
SELECT FROM category_users WHERE id = <2番目のid>;
レコードが 1 件だけ返されることを確認してから、次を実行してください。
DELETE FROM category_users WHERE id = <2番目のid>;
ボットに関してどのような変更を加えたか覚えていますか？