Você NÃO deve remover o índice!
Você só precisa excluir o registro duplicado.
Encontre o segundo registro com user_id = -4 e category_id 9 e exclua-o usando seu id
Esta é uma operação arriscada, então primeiro verifique com:
SELECT FROM category_users WHERE id = <o segundo id>;
para garantir que ele retorne apenas um registro, então:
DELETE FROM category_users WHERE id = <o segundo id>;
Você consegue se lembrar de quais alterações, se houver, você fez em relação ao bot?