app.yml は /var/discourse/containers/app.yml にあるはずです。そのファイルを編集し、プラグインに関する記述をすべて削除する必要があります。ファイル内には、以下のような記述が見つかるでしょう。
## Plugins go here
## see https://meta.discourse.org/t/19157 for details
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- git clone https://github.com/discourse/docker_manager.git
- git clone https://github.com/discourse/discourse-jwt.git
- git clone https://github.com/zh99998/discourse-cross-origin.git
ここにある各 git clone コマンドは、Discourse インスタンスにインストールされているプラグインを指しています。ファイルを編集した後、Discourse アプリケーションを再構築する必要があります。/var/discourse フォルダから ./launcher rebuild app を実行して、Discourse アプリケーションを再構築してください。