Obrigado! Se você tivesse falta de memória, os números do cache seriam pequenos e, se estivesse paginando muito, as colunas si e so seriam grandes. Mas não é o caso.
Vemos um grande pico em bi e bo, que é tipicamente atividade de disco. Eu me pergunto se algo em algum lugar está construindo, reparando ou escaneando algo.
Talvez tente executar
ps auxrc
a cada cinco segundos por cerca de um minuto, para ver se consegue capturar um processo ocupado em ação.
Existem outras utilidades que podem não estar instaladas: talvez procure por “Como Monitorar IO de Disco em um Sistema Linux” ou similar.
Vale a pena notar que, se você tiver dúvidas sobre a integridade do seu sistema, reconstruí-lo a partir de um backup pode ser o caminho mais rápido. Mas certifique-se de ter uma cópia externa do backup, se não duas, em caso de acidente. E, idealmente, faça a instalação em uma nova instância e mantenha a existente por perto até que a nova esteja funcionando bem.