맞습니다. 모든 도메인을 확인하지 않았고, 모두 해당된다고 가정했습니다. 하지만 Discourse가 있는 도메인은 무시해도 됩니다.
그리고 강제 갱신 방법을 알아냈습니다:
cd /var/discourse./launcher enter app"/shared/letsencrypt"/acme.sh --cron --home "/shared/letsencrypt" --forceexit
더 직접적인 방법이 있는지 모르겠지만, 웹사이트 캐시를 새로고침한 후 작동했습니다.