Você tem razão, não verifiquei todos os meus domínios. Achei que todos estivessem afetados, mas aquele com o Discourse pode ser ignorado.
Dito isso, também descobri como forçar a renovação:
cd /var/discourse./launcher enter app"/shared/letsencrypt"/acme.sh --cron --home "/shared/letsencrypt" --forceexit
Não sei se existe uma maneira mais direta, mas funcionou após atualizar o cache do site.