É possível personalizar o modelo de e-mail externo usado como wrapper para todos os e-mails enviados pelo Discourse. Ao fazer isso, você pode adicionar sua marca aos e-mails enviados pelo seu site. Detalhes sobre como fazer isso estão aqui: Customizing the Discourse outer email template.
Se você usar essa abordagem, provavelmente desejará desativar a configuração do site apply custom styles to digest, para que os e-mails de resumo enviados pelo seu site não exibam sua marca duas vezes.