No momento, a maneira mais fácil é instalar o mesmo tema duas vezes e alterar a paleta (e também o nome do tema, para que você saiba qual é qual).
É mais fácil se o tema for remoto (no Git), pois assim todas as atualizações são gerenciadas centralmente de qualquer forma. Se o tema foi criado localmente na interface de administração, você pode exportá-lo e reimportá-lo. O método de tema local é um pouco mais incômodo, pois você precisa editar ambos os temas se quiser fazer qualquer alteração.