Como você personalizou o cabeçalho? O problema é que a personalização do seu cabeçalho depende do tema selecionado, mas o alternador escuro/claro apenas altera a paleta de cores. O resultado é o mesmo se você selecionar a paleta escura em combinação com o tema claro em suas preferências.
O Versatile Banner usa diferentes imagens de fundo e cores dependendo se uma paleta de cores clara ou escura está ativa. Você poderia fazer algo semelhante para o seu cabeçalho.