Se você tiver uma instalação de dois contêineres, o novo contêiner é criado enquanto o antigo está em execução. O tempo de inatividade é apenas o tempo que leva para iniciar o novo contêiner. O único problema é que você precisa de RAM suficiente para criar um contêiner enquanto o outro está em execução.
Mover de um contêiner autônomo para contêineres separados de web e dados, mas eu geralmente movo uma nova VM.
Se você quiser tempo de inatividade zero, precisará de um balanceador de carga que mantenha o contêiner antigo em execução até que o novo tenha iniciado completamente. Em seguida, você desliga o contêiner antigo e faz as migrações pós-atualização.