Olá,
Acho que as miniaturas estão sendo geradas por largura máxima da imagem e altura máxima da imagem por padrão. Se a imagem enviada for menor que esses valores, a miniatura não será criada.
Se você quiser desativar a criação de miniaturas, desmarque esta configuração. Isso desativará a miniatura apenas para uploads futuros, não importa o tamanho da imagem.
Não encontrei nenhuma informação relevante sobre como desativar miniaturas de uploads mais antigos, mas se for suficiente para você ocultá-las com CSS simples. Essa solução alternativa pode funcionar. 
Comum / CSS
.cooked {
.lightbox-wrapper {
a.lightbox {
pointer-events: none; // Desativar todos os eventos de clique na imagem
&:hover {
box-shadow: none;
}
.meta {
display: none;
}
}
}
}