Olá @th21!
Ainda sou novo aqui, mas acredito que se você não excluir seu diretório /shared, todos os seus dados estarão seguros. O que o ./discourse-setup alterará são os plugins, as configurações de smtp e, em seguida, executará a reconstrução. Eu esperaria por mais confirmação, pois sou um novo usuário, mas tenho quase certeza disso.
Você sempre pode fazer um backup e restaurar mais tarde também. Verifique este artigo para mais informações sobre isso.