このサーバーでDiscourseのみを実行していることを前提とすると、以下を試すことができます。
cd /var/discourse
./launcher stop app
docker rmi -f $(docker images -aq)
./launcher rebuild app
これによりDiscourseが停止し、すべてのDockerイメージが削除され、Discourseが再構築され、現在のイメージがダウンロードされます。
蓄積されるファイルについては、@david、ローカルストレージ用の rake s3:expire_missing_assets のようなものはありますか？