Bem, você coloca a URL do plugin no app.yml como mostrado no link que você postou:
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- sudo -E -u discourse git clone https://github.com/discourse/docker_manager.git
- sudo -E -u discourse git clone https://github.com/discourse/discourse-spoiler-alert.git
Aqui no exemplo, o plugin é discourse spoiler alert.