Se você instalou um fork do GitHub, precisaria fazer alterações nesse fork no GitHub para poder atualizar seu tema do Discourse…
Se você instalou o tema original, e depois o “forkou”, precisaria reinstalar a versão “forkada” do tema.
Isso não deve ser relevante, embora se o repositório estiver definido como privado no GitHub, você precisará tomar mais medidas para instalar o tema: Installing a theme from a private Git repository