Especificamente, eu recomendaria executar
du -kx / | sort -n | tail -49
ou similar, no seu servidor, como root. Você precisa de uma tática que observe o que realmente está acontecendo, sem suposições.
Enquanto você estiver na linha de comando, eu sugiro
df -mT
free
E até mesmo
docker system df
docker images
Estou preocupado com o que você está dizendo sobre backups. Existem dois tipos de backups: o tipo normal que inclui anexos e o tipo leve que os exclui. Eles devem ter tamanhos diferentes. Você terá alguma escolha configurada de backups automáticos agendados. Parece-me possível que os backups automáticos estejam acontecendo quando há espaço, e isso preenche o espaço.
Recomendo que você examine bem os arquivos antes de excluí-los - qual a data e o carimbo de data/hora, qual o tamanho. Isso ajudará a determinar como eles surgiram.
Vale a pena notar que excluir um arquivo aberto fará com que ele se torne não listado, mas ele não será excluído até ser fechado. É até possível, portanto, que você veja um quadro diferente após uma reinicialização do servidor.