Ao ler o código, o número máximo de megapixels é uma restrição rígida. É um mecanismo de segurança, não algo que o sistema utiliza para tomar decisões sobre redução de tamanho.
max_image_size_kb é o único fator determinante para a redução automática de tamanho no momento do upload.
Aumente o número máximo de megapixels para a maior quantidade absoluta de megapixels que você jamais gostaria de hospedar.