以前、他のホスティングプロバイダーに移行した際、復元時にS3で問題が発生しました。そのため確認したところ、答えは「はい」でした。画像をS3に保存している場合は、アップロードを含まないバックアップ（データベースのみ）を作成する必要があります。ただし、あなたのケースでもこれが解決策かどうかはわかりません。試す場合は、事前にスナップショットを作成してください。
詳細はこちらをご覧ください：Restore a backup from the command line - #28
実際に試しましたが、問題なく正常に動作しました。