Em qual tabela os favoritos são armazenados, se não na “bookmarks”?

Parece que a tabela bookmarks ainda não está sendo utilizada. Ela faz parte de algumas melhorias que estão sendo implementadas na funcionalidade de marcação de favoritos do Discourse.

Atualmente, você pode obter informações sobre os favoritos com uma consulta como esta:

SELECT
t.user_id,
t.id AS topic_id,
COUNT(*) AS bookmark_count
FROM post_actions pa
JOIN posts p
ON p.id = pa.post_id
JOIN topics t
ON t.id = p.topic_id
WHERE pa.post_action_type_id = 1
AND t.deleted_at IS NULL
AND p.deleted_at IS NULL
GROUP BY t.id, t.user_id
ORDER BY bookmark_count DESC
LIMIT 20