アップグレードを試したところ、web.template.yml に新しい yarn install セクションが追加され、それが分離された環境内で問題を引き起こしているようです。
- exec:
cd: $home
cmd:
- "[ ! -d 'node_modules' ] || su discourse -c 'yarn install --production && yarn cache list'"
古いコンテナと新しいコンテナの内容を比較すると、新しいコンテナの /usr/local/share/.cache/yarn/v6 には多くのキャッシュされた yarn パッケージがありますが、古いコンテナには何もありません。おそらく、必要な node.js は以前はベースイメージに含まれていましたが、現在は再構築中に更新されているのではないでしょうか？
yarn キャッシュを ruby キャッシュと同じ方法でコピーアウトして、yarn がビルドボックスからキャッシュされたパッケージを使用できるようにするかどうか実験してみます。