標準インストールにはnginxを削除する必要があります。Discourseには独自のnginxが含まれているため、別のnginxは不要です（他の理由で必要な場合を除く。その場合、インストールはより複雑になります）。
スクリプトは、ドメイン名を使用して自身に接続しようとします。ドメイン名がVMを指している場合、DNSが正しく、ポート443および80を他に何も使用していないと仮定すると、そのホスト名経由で自身に連絡できるはずです。
チェックを複数回バイパスすると、Let’s Encryptからhttps証明書を取得する試行回数に制限がかかります。