サブドメインなしでのインストールが機能しない

[Stephen]

Let’s Encrypt は、リクエストの内容が現在の証明書の内容と一致する限り、既存の証明書を置き換えることはありません。ホスト名を変更したり、代替名を指定するようにリクエストを変更したりすると、置き換えられます。