Os temas Horizon e Foundation serão adicionados ao seu site, mas o tema atualmente selecionado (e seus componentes) permanecerá como seu tema Padrão.
Como exemplo, acabei de atualizar um site pessoal que tinha apenas um tema instalado, e esta é a página de temas resultante:
Meus componentes ainda estão todos no lugar, habilitados e funcionando como antes da atualização.