Eu me pergunto se uma possível solução seria, em vez de usar o logotipo, criarmos uma imagem em formato retangular usando o logotipo do site e a cor de fundo do cabeçalho que o site usa atualmente.
Precisaríamos fazer isso no backend, mas usar um bloco de imagem com a cor incluída como fundo impediria que o Gmail invertesse a cor do fundo.
Para que valha a pena, testei vários e-mails de grandes marcas no meu aplicativo do Gmail enquanto configurado no modo escuro, e a maioria deles também não resolveu isso.