Você quer dizer links internos para outras postagens? Eu implementei isso para alguns importadores. Acho que é mais fácil corrigir no importador, onde o mapeamento antigo->novo é mais fácil de obter.
Apenas como o HTML se torna Markdown pode ser problemático. Você precisará examinar esses exemplos e ver se deseja tentar corrigi-los agora, mais tarde ou nem ao menos.