マルチサイトには2番目の app.yml 風ファイルを作成するだけで十分ですか？

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はい、可能です。ただし、Redis と Postgres のインスタンスをそれぞれ 1 つだけ実行するようにするため、ウェブコンテナとデータコンテナを分離するよう、少し時間を割くことをお勧めします。もし、RAM の無駄遣いを気にせず、再構築時のダウンタイム短縮の恩恵も必要ないなら、あなたの考え方で問題ありません。

これはマルチサイト構成よりも多少多くの RAM を消費しますが、異なるプラグインセットを運用できる利点があります。