マルチサイトには2番目の app.yml 風ファイルを作成するだけで十分ですか?

その場合、samples/standalone.yml のコピーをもう一つ用意すれば問題ありません。ただし、/var/discourse/shared/[standalone]/ および他のホストから公開されるリソースを別の名前に更新することを忘れないでください。