私のアドバイスは、常にシンプルに始めることです。まずシンプルな要件に取り組み、その実装方法を検討しましょう。その後、次のステップに進みます。
テーマ作成については、その大部分は CSS の修正で対応できると思います。一般的なリソースを活用してください。それでは対応できない場合は、jQuery を用いてテンプレートを修正するか、やむを得ない場合はテンプレートをオーバーライドする必要があります。独自のコンポーネントやウィジェットを構築し、新しいユースケースに合わせて接続しましょう。
ソースコードは常に味方です。GitHub の discourse/discourse ディレクトリ構造を確認すれば、アプリの各部分がどのように配置されているかがわかります。テンプレートは理解しやすい側面だと思います。Ember のディレクトリ構造に慣れていない場合は、今が学ぶ良い機会です。