Qual versão você está usando? Você está armazenando os uploads no S3 ou localmente?
Minha suposição é que uma tarefa de limpeza tenha removido vários arquivos carregados. Sugiro que você extraia os arquivos de 2019-07-03 e 2019-07-06 e crie uma comparação (diff). Há algo faltando que não deveria estar?