返信ありがとうございます。バージョンなどの明らかな詳細を記載しなかったこと、お詫び申し上げます。現在は v2.3.1 +12（安定版チャンネルだと思います）を使用しています。2019-07-03 から 2019-07-06 の間にアップデートが行われ、バックアップのロジックが変更された時期だった可能性は十分にあります。アップロードデータはローカルに保存されています（ご覧の通り、当フォーラムは非常に小規模ですので）。
バックアップの中身を確認するというアイデアは素晴らしいですね。サイズの違いが現れている箇所は以下の通りです：
% du -sh forum-190703/uploads/default/* | sort -h | tail -n 6
508K forum-190703/uploads/default/25
780K forum-190703/uploads/default/1
1.6M forum-190703/uploads/default/avatars
2.9M forum-190703/uploads/default/_optimized
86M forum-190703/uploads/default/optimized
120M forum-190703/uploads/default/original
% du -sh forum-190706/uploads/default/* | sort -h | tail -n 6
488K forum-190706/uploads/default/103
508K forum-190706/uploads/default/25
776K forum-190706/uploads/default/1
1.6M forum-190706/uploads/default/avatars
2.9M forum-190706/uploads/default/_optimized
120M forum-190706/uploads/default/original
つまり、optimized ディレクトリ全体が消えています。バックアップサイズの削減のため意図的なものだと推測されますが、このコミット を確認した後のことなので、すべて問題ないようです。ありがとうございました。