Isso só é verdadeiro se ele estiver sendo gerenciado pelo systemd, o que nem sempre é o caso. Já vi muitas instâncias em que algum pacote aleatório o instala, desabilita o serviço e, em seguida, o inicia e o para conforme necessário.
Também já vi pelo menos um pacote no passado que instalou um arquivo .service para ele, mesmo que o nginx não estivesse realmente instalado.
Ambos os métodos informarão felizmente que o status está desabilitado. O método apt garante que, se ele estiver realmente instalado, você saberá, a menos que tenha sido compilado a partir do código-fonte, e provavelmente não estaríamos tendo essa conversa se esse fosse o caso.
Você não tem o Nginx funcionando como proxy reverso. Além disso, você está redirecionando duas portas como 80. Você deve ter apenas uma, não ambas. E como você não está usando o Nginx, e por causa disso você não tem um host virtual fazendo proxy para a porta 9090 ou qualquer outra porta, você deve comentar isso.
Você tem mais alguma coisa instalada via docker? Porque agora parece um pouco que seu Nginx no docker está funcionando, mas o próprio Discourse está inativo.
Essa foi uma instalação limpa, certo? Eu descartaria todo o VPS e começaria de novo.
Eu criaria uma nova VM e começaria de novo, mas, em qualquer caso, você pode tentar remover o nginx.
apt remove nginx
Você precisa deixar o discourse com acesso à porta 80.
É provável que você tenha atingido os limites de taxa do Let’s Encrypt. Você provavelmente precisará usar um subdomínio diferente ou esperar uma semana.