同意します。
バックアップバケットではバケットポリシーは使用されていませんでしたが、アップロードバケットにポリシーを追加したことでブートストラップの失敗が解消されました。
ポリシーのJSONは、CloudFront > Distributions > ご利用のディストリビューション > Originの編集 で確認できます。
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残念ながら、永続的な点滅アイコンは解消されません。
オブジェクト所有権とACLを調整しても結果は変わりません。

現在の設定です。推奨設定だと思いますが、もしかしたら勘違いしているかもしれません。

