Caniuse によると、IntersectionObserver API は 2019 年 3 月に iOS 12.2 で追加されました。
もしこれらが iOS でもテストされたのであれば、動作するはずだという証拠にもなります。iOS 上のすべてのブラウザは、裏側で WebKit を使用しています。
@MarcP さん、もしかして 設定 > Safari > 詳細 > 実験的機能 で IntersectionObserver を無効にしていませんか？デフォルトでは有効になっているはずです（Safari Technology Preview リリース 71 のリリースノートを参照）。