Não, não permite, pelo menos não corretamente.
Pode funcionar com plugins somente de API, mas qualquer JavaScript de novos plugins precisa ser compilado, o que acontece no processo de build.
Portanto, para adicionar um novo plugin, você deve realizar um rebuild na maioria dos casos.
O outro problema que você tem é que alterar scripts de build principais pode te colocar em apuros se você não for cuidadoso, especialmente se houver uma mudança significativa o suficiente nos scripts principais.