Discourse ウェブサイトへの自動ログイン

はい、メールトークンの有効期限は「メールトークンの有効時間」というサイト設定で決まります。

つまり、ユーザーに対してメールトークンを生成して返すエンドポイントを追加するプラグインを作成し、トークンが期限切れになるたびにそれを定期的に呼び出したい、ということですね?