Você encontrou um bug conhecido (embora obscuro!), que foi corrigido pelo commit acima. No entanto, esse commit ainda não está em uma versão estável do Discourse.
Definir temporariamenterecompress original jpg quality para 100 deve impedir que a conversão ocorra.
(…e/ou você pode tentar reduzir a qualidade do PNG que está exportando para um valor inferior ao da configuração recompress original jpg quality.)
Apenas certifique-se de retornar essa configuração ao valor anterior após o upload do seu logotipo!