OS によって異なるかもしれませんが、私は Linux（Ubuntu）を使用しており、これほど簡単なことはありません。URL バーの右側（「お気に入り」アイコンのすぐ前）に小さな「＋」が表示されています。これをクリックするとインストールされます。インストールすると、そのアイコンは「Discourse Meta で開く」アイコンに変わります。PWA をアンインストールすると、「＋」が再び表示され、再度インストールできるようになります。
また、ここで meta を閲覧しながら Chrome のメニューを開くと、同様に「Discourse Meta をインストール」という項目があり、インストール後は「Discourse Meta で開く」に変わり、アンインストールすると再び「インストール…」に戻ります。
つまり、URL バーに 1 つのアイコン、メニューに 1 つの項目があるだけです。少なくとも私の環境ではそのようになっています。これ以上何を求めるべきか分かりません 
ポップアップメッセージに依存する必要は全くありません。