Eu não teria essa incompatibilidade, mas entendo.
Espero que o markdown faça exatamente o que estou dizendo: [link] significa renderizar o seguinte como um link; cabe a mim colocar uma URL válida lá.
Espero que o composer faça um pouco de mágica: isso parece que deveria ser uma URL, então vou marcá-lo como um link.
Isso se tornou natural para mim, mas certamente vejo potencial para confusão. Talvez uma mágica semelhante possa ser aplicada para validar o formato dos links markdown antes de transformá-los em links.