Ich dachte, wenn sich der Ersteller über eine fehlende Datei /etc/service/unicorn/run beschwert und genau diese entfernt wird, habe ich versucht, diesen Entfernungsbefehl zu kommentieren. 
Hat funktioniert.
Vielleicht möchte jemand mit mehr Wissen darüber dies überprüfen und ein Update auf Github im Skript vornehmen. Ich kann auch einen PR erstellen – aber ohne jegliches Wissen darüber möchte ich das nicht.
Aber die Umstellung von Ubuntu auf Debian ändert vieles, das stimmt.