ドキュメントとあなたの経験から、R2 はサポートされていないことが示唆されているため、別の方法で問題を解決する必要があります。
私はそれが機能していると思っていましたが、あまり注意深くテストしておらず、些細なスモークテスト以外では使用していませんでした。
バックアップが R2 からファイルをダウンロードできない場合は、R2 からファイルを取得し、新しいバケットにプッシュしてから、データベースを手動で更新するために別のツールを使用する必要があります（remap rake タスクを使用してトピックを検索できると思います）。
これは複雑なプロセスであるため、R2、S3、および Discourse のアップロードについてかなりの知識が必要になります。フォーラムで解決策を得るのに十分な具体性をもって正確な問題を説明することは、おそらく困難でしょう。