はい、GitHub リポジトリをフォークしてその方法でカスタマイズすることもできますし、Discourse の管理インターフェースでカスタマイズする場合は、追加のローカルテーマコンポーネントを作成することもできます（例えば、GitHub からインストールされたカスタムヘッダーリンクのリモート版を持ち、さらに「カスタムヘッダーリンクの編集」というローカルコンポーネントを作成して追加する、といった具合です）。
もし少し Git を学ぶ用意があるなら、フォークするのが最も良い方法でしょう。ソースコード管理のすべてのメリットを得られ、変更を上流のアップデートとマージするために必要なすべての GitHub の機能を利用できるからです。