Não acho que essa seja a conclusão imediata que você pode/deve tirar. O problema deve ser simples:
O motivo pelo qual o índice não será criado é que você tem pelo menos duas entradas na tabela tags que resultam na mesma coisa quando você pega a versão em minúsculas do nome delas. É isso que a mensagem de erro está dizendo.
Portanto, acho que você ainda precisa encontrar as entradas relacionadas nessa única tabela que entram em conflito ao passar por essa transformação.
Além disso, Posts não são marcados com tags, Tópicos são.
Antes de excluir os duplicados, anote seus IDs porque você também precisará excluir as linhas relacionadas da tabela topic_tags (algo que você poderia ter resolvido rapidamente se tivesse realizado toda essa manutenção online simplesmente reiniciando o contêiner, em vez de destruir a instância!!).