Watched Words/Replace がお役に立つかもしれません。標準インストールで自動的にリンクされるのはこの仕組みです。マークダウンリンクで置き換えようとしましたが、生のマークダウンが投稿に挿入されてしまうため、残念ながらお望みのものとは少し違います。
ただし、GitHubのIssueをリンクさせたいだけであれば、それはすでに機能しています。
