Sim. Na maioria das vezes, não há migrações que quebrem o container em execução.
Você também pode configurá-lo para ter as migrações desativadas no web_only.yml. Depois que o novo container estiver em execução, faça algo como:
cd /var/www/discourse; SKIP_POST_DEPLOYMENT_MIGRATIONS=0 rake db:migrate
dentro do container em execução.