マルチサイトのアップグレードにより、一部のサイトが利用できなくなります

まず git pull を実行しましたか(ブートストラップではなくリビルドを行う場合は不要です)。

もう一つの推測ですが、テーマに関連する問題かもしれません。

テーマとプラグインを確認してください。セーフモードを試してみるのはどうでしょうか?