Na verdade, encontrei uma maneira de fazer o Let’s Encrypt obter certificados para vários domínios sem redirecionar para o domínio principal. Setup Multisite Configuration with Let's Encrypt and no Reverse Proxy
@AstonJ, você teria interesse em testar meu tutorial? Tenho 90% de certeza de que funciona, mas faz algumas semanas que fiz o último teste e não tenho total certeza de que as instruções “funcionam” para alguém que não eu.
Se você quiser que todos os sites tenham os mesmos plugins e sejam atualizados simultaneamente, o multisite é excelente.