Sim, esse é o problema. Consigo reproduzir o erro no meu site de testes. Ocultar um tópico remove o tópico das estatísticas de tópicos da categoria. Se você então excluir o tópico ocultado, ele é novamente subtraído das estatísticas de tópicos da categoria. Isso significa que ocultar e depois excluir um único tópico é contabilizado como a remoção de dois tópicos das estatísticas.
O Discourse executa um job de fundo CategoryStats uma vez a cada 24 horas. Quando esse job for executado, as estatísticas da sua categoria devem ser corrigidas. Se você tiver acesso ao console rails do seu site e não quiser esperar o job ser executado, pode rodar o comando manualmente com:
Category.update_stats
Testei isso no meu próprio site. Executar esse comando corrigiu o problema para mim.