Olá @dreieck e obrigado pelo relatório bem escrito.
Infelizmente, ambas as suas sugestões não só foram bastante difíceis de implementar, como também podem levar a uma situação de aninhamento infinito do tipo “caixa de Pandora”. Na minha opinião, notas de rodapé aninhadas são subótimas do ponto de vista da experiência do usuário e não devem ser permitidas.
Então, optei por uma terceira rota, que é remover quaisquer notas de rodapé aninhadas.
Sei que isso pode não ser o que você esperava, mas pelo menos aborda o bug de fingir que funciona quando não funciona.
Se você estiver convencido de que essa funcionalidade vale a pena ter, recomendo adicionar seu voto a esta solicitação de recurso existente, pedindo a mesma coisa.